Istoricul: Prima biserică a vechiului schit a fost construită în 1729 de pustnicul Agafton, de la care vine şi numele mănăstirii Schit pentru călugări, a devenit în 1740 mănăstire de maici. Între anii 1840 şi 1843, stareţa Agafia Curt, cu binecuvântarea Mitropolitului Veniamin Costache, a ridicat o nouă biserică din zid. Planurile bisericii au fost făcute de arhitectul-pictor Veniamin Velescu de la Mănăstirea Zagavei. S-au ostenit cu munca şi bani maicile mănăstirii şi credincioşii din zonă. I s-au făcut reparaţii în 1904, în mare parte cu banii lăsaţi de monahia Zenaida Pisoschi. În anul 1928 a urmat a doua reparaţie. Cutremurul din 1940 şi al doilea război mondial au pricinuit mari avarii bisericii. În 1955 s-au făcut reparaţii generale prin grija maicii Agafia Moise, stareţa mănăstirii şi cu ajutorul Mitropoliei Moldovei, al Ministerului Cultelor, al soborului de maici şi credincioşilor din satul Agafton. Stranele, uşile de stejar, ferestrele, s-au făcut din nou cu cheltuiala Arhimandritului Galaction Pintilie. După aceste reparaţii biserica a fost sfinţită la 6 decembrie 1955 de Mitropolitul Sebastian înconjurat de un sobor de stareţi şi preoţi, în frunte cu Protoiereul din Botoşani, Minai Gheorghiu. Trec puţini ani după această reînnoire a bisericii şi decretul 410/1959 desfiinţează Mănăstirea, iar maicile sunt alungate de aici. Biserica a trecut la parohia Agafton şi în clădirile mănăstirii s-a înfiinţat un azil pentru bătrâni. Cutremurul din 1977 provoacă noi stricăciuni bisericii, aşa că în 1978 cu osârdia Preotului paroh Gheorghe Constantinescu şi a consiliului parohial s-au făcut lucrări de restaurare atât în interior cât şi la exterior.

Descriere: Biserica este o construcţie din zid în formă de cruce, cu interiorul compartimentat în altar, naos, pronaos şi pridvor închis. Altarul este luminat de o fereastră aşezată la est. În dreapta altarului este o cameră pentru veştmântărie, iar deasupra o turlă mică înfundată. Naosul este luminat de câte o fereastră pe fiecare absidă. Absidele sunt foarte largi, dar puţin adânci. Delimitarea naosului de pronaos se face printr-o arcadă puternică care susţine bolta şi se lasă în continuare pe doi stâlpi laterali puternici, alăturaţi zidurilor. Pe naos este o turlă mare cu tamburul hexagonal şi în continuare corpul circular îmbrăcat în tablă. Acoperişul are formă de mitră arhierească. Pronaosul este puţin spaţios şi luminat de câte o fereastră la sud şi nord. Toate ferestrele sunt din lemn, mari, cu grilaj metalic în interior. În pronaos este şi balcon pentru cor. Pridvorul este închis şi are o intrare prin sud, alta prin nord, prin uşi din lemn în două canaturi, cu geamuri în partea superioară. Intrarea din pridvor în pronaos se face printr-o uşă masivă în două canaturi, întărită metalic. Este dublată în exterior, spre pridvor de o alta uşă cu geamuri în partea superioară. Biserica este acoperită cu tablă. 

Pictura: Executată în ulei în anul 1928, la a două reparaţie a bisericii şi este opera pictorului P. Livescu, din Botoşani.

Altele: Clopotniţa construită din zid la 15 m vest de biserică, este de formă pătrată cu trei etaje, cupola fiind acoperită cu tablă. Mănăstirea a avut şi o clădire atelier înfiinţat la dorinţa Reginei Elisabeta. Piatra de temelie s-a pus în 1927, de faţă fiind Prea Fericitul Patriarh Regent Miron Cristea, venit la Botoşani pentru sfinţire, după restaurarea bisericii Sfântul Nicolae, ctitoria lui Ştefan cel Mare şi Sfânt. Localul s-a terminat în vremea regelui Carol al II-lea, prim ministru fiind Gheorghe Mironescu, protopop Al. Simionescu şi stareţa Eufrosina Petrovici. Călugăriţele, recunoscătoare de folosul primit prin acest atelier, au dorit ca acesta să se numească Atelierul Pimen Mitropolitul - 1930, fiind înfiinţat de acesta. În 1996, clădirea atelier era încă ţinută abuziv de spitalul de bolnavi handicapaţi, care ocupa şi alte clădiri ale maicilor. Mănăstirea a fost reînfiinţată în 1990 tot cu obşte de maici, dar acestea au primit doar o parte din casele ce le aparţineau. La acest vechi aşezământ, maicile au avut casele lor proprii ca şi la mănăstirile Pasărea şi Nămăieşti, acestea având înainte de 1959 viaţă de sine. La Agafton s-au călugărit mătuşile lui Mihai Eminescu. Una dintre acestea, Olimpiada, a fost chiar stareţa aşezământului. 

Accesul:

Este situată pe şoseaua Botoşani-Suceava, după 8 km ramificaţie stânga, 3 km până la mănăstire aflată la sud-vest de Botoşani